Si parla di allergia alimentare per indicare una reazione immunologica verso proteine alimentari normalmente tollerate. Il sistema immunitario produce differenti tipi di anticorpi (per esempio, IgE, IgG e IgM), ciascuno con una propria specifica funzione. La classe di anticorpi che può provocare una reazione allergica è quella degli IgE.

Il nostro organismo produce usualmente molecole IgE per contrastare le infezioni causate dai parassiti, come per esempio gli elminti. La scienza medica non ha ancora compreso le ragioni per le quali il sistema immunitario di alcune persone produce erroneamente IgE contro agenti innocui come pollini o acari della polvere, scatenando forme di asma e di rinite allergica (anche detta febbre da fieno), e contro alcuni cibi, scatenando le allergie alimentari. Per complicare ulteriormente il quadro, in alcune reazioni allergiche non sono coinvolti gli anticorpi IgE, ma cellule del sistema immunitario In effetti, molte manifestazioni cliniche di allergia alimentare non riconoscono un meccanismo IgE- mediato chiaramente dimostrabile.

Riassumendo, si definisce allergia alimentare IgE-mediata quando sono in causa anticorpi IgE e allergia alimentare non IgE-mediata quando tali anticorpi non sono rilevabili.